Conserva un importante fondo librario tra i più cospicui delle Biblioteche pugliesi. Dell’antico fondo della Commissione Provinciale di Archeologia e Storia Patria, dal 1935 Regia Deputazione di Storia Patria per le Puglie, risultavano inventariati al 1941 oltre un migliaio di titoli, tra libri e riviste. Questo materiale risulta, oggi, in gran parte disperso, a causa soprattutto degli eventi bellici della Seconda Guerra mondiale. Tra il 1042 ed il 1943, l’allora Presidente, il prof. Gennaro Maria Monti, ritenne opportuno trasferire nella sua villa di Acerra le raccolte più importanti (incunaboli, codici diplomatici, raccolte settecentesche e ottocentesche), ma il bombardamento della Villa Monti ad Acerra e la sua successiva morte comportarono la distruzione di gran parte di quel patrimonio librario. Conclusasi la guerra, fecero rientro nella sede della deputazione circa 586 volumi. D’altra parte quelli lasciati in sede furono in parte dispersi durante l’occupazione alleata del Palazzo dell’Ateneo. Nel 1950, il Commissario della Società di Storia Patria, il prof. Pier Fausto Palombo, si adoperò per una sistemazione adeguata della Biblioteca, chiedendo un indennizzo per danni di guerra alla Soprintendenza Bibliografica per la Puglia e la Lucania. Ma solo con gli anni ’70 fu avviato un lavoro per inventariare e catalogare quanto già in possesso e quanto andava affluendo grazie ad omaggi e scambi. Al 1990, la Biblioteca contava circa 8.000 volumi, tra libri e riviste, inventariati e non. Tuttavia la mancanza di spazi adeguati ed un diffuso disordine aveva portato più all’ammasso che alla conservazione e fruizione. Da qui la necessità di un immediato intervento. Dal 1991 al 1995, l’allora consigliere e subito dopo Vicepresidente della Società, il prof. Cosimo D’Angela si è impegnato ad un’attenta opera di riscontro inventariale e di selezione, al fine di valutare quanto ancora in possesso e di dare una più qualificata specializzazione, quella della Storia del Mezzogiorno d’Italia e soprattutto della Puglia. Particolare attenzione è stata rivolta alle collezioni delle riviste storiche, riprendendo i rapporti di scambio, in gran parte interrotti, con quelle ancora in vita, e colmando, dove ancora possibile, le lacune riscontrate. Oggi, la Biblioteca conta più di 20.000 volumi e ai titoli delle riviste, che al 2005 ammontavano a 248, oggi se ne sono aggiunti altri. 

Dal 2004 la sezione di Brindisi si è impegnata a un’attenta opera di riscontro inventariale e di selezione, al fine di valutare quanto ancora in possesso e di dare una più qualificata specializzazione, quella della Storia del Mezzogiorno d’Italia e soprattutto della Puglia. Particolare attenzione è stata rivolta alle collezioni delle riviste storiche, riprendendo i rapporti di scambio, in gran parte interrotti, con quelle ancora in vita, e colmando, dove ancora possibile, le lacune riscontrate.